Kostel Panny Marie Pomocnice křesťanů byl postaven díky finanční a brigádnické podpoře původní zlínské farnosti, kterou od února roku 1990 do června 2006 spravovali kněží z kongregace Salesiánů Dona Boska. Farnost Zlín byla největší farností v Olomoucké arcidiecézi. Ke dni 1. ledna 2006 došlo k vytvoření dvou zlínských farností: Římskokatolická farnost sv. Filipa a Jakuba  a Římskokatolická farnost Panny Marie Pomocnice křesťanů

Kostel je vyzdoben souborem liturgických plastik, na kterých se opakují motivy z Valašska – lipové listy, velikonoční pomlázka či textilie, které vytvořil akademický sochař Daniel Trubač. Oltář spočívá na kamenné a bronzové podnoži. Každé bronzové rameno je zdobeno reliéfním dekorem připomínajícím Krista a smysl bohoslužby. Svatostánek je spojen s věčným světlem ve funkčním i estetickém celku, otočný válec jeho schrány symbolizuje kosmos, v jehož středu je hostie, podobná Slunci, ohnisku veškerého dění. Ambon má poněkud abstraktnější sochařské zdobení plochy, na kterou je pokládána Bible.

Tři zvony - Svatý Jan Bosko, Svatá Ludmila a Svatý Vojtěch, taktéž od Daniela Trubače, byly odlity ve zvonařské dílně Josefa Kadlece v Halenkově. Zvony jsou zdobeny reliéfy a motivy, vztahující se k osobě podle které byly nazvány. Největší zvon "Svatý Jan Bosko" má průměr bezmála 1 metr a váží 535 kg.