Farní kostel, který se nachází v centru města, je zasvěcen sv. Filipovi a Jakubovi. Původní zlínský kostel byl postaven v letech 1390 až 1420. Během svého trvání prodělal mnoho oprav. K podstatným změnám došlo na počátku 19. století, kdy začala jeho zásadní přestavba. Došlo ke změně jeho orientace otočením ze směru východ - západ do dnešního směru sever - jih a k rozšíření chrámové lodi. Přestavba byla dokončena v roce 1807, kdy byl kostel konečně posvěcen.

Při velkém požáru 19. července 1819 kromě domů na náměstí vyhořel i kostel a farní budova s tehdejšími hospodářskými staveními. Než se provedlo nouzové zastřešení, sloužily se mše svaté jen za pěkného počasí venku na náměstí před sochou sv. Floriána. Místo zvonění se ráno bubnovalo.

Až do roku 1827 byl kostel opatřen jen nouzovou dřevěnou střechou. Oprava kostela byla ukončena až v roce 1830. Kostelní věž z roku 1566 (nejstarší stavební část nynějšího kostela) byla zvýšena a nově pokryta. V interiéru byly přestavěny tři oltáře, kazatelna a křtitelnice, opraveny byly i staré varhany. V roce 1834 byly na věži kostela pořízeny hodiny. Za dalšího velkého požáru města v roce 1849 shořela celá střecha kostela, poškozeny byly zvony, hodiny, fara i hospodářské budovy. Věřící se znovu pustili do obnovy poškozeného kostela. Byly pořízeny tři nové zvony a interiér kostela dostával postupně novou podobu. Z té doby pochází pravděpodobně kamenný erb Brettonů nad hlavním vstupem, který je patrný i dnes. V roce 1866 bylo v kostele zavěšeno 14 obrazů křížové cesty od akad. malíře Františka Zedníka. Tato křížová cesta byla v kostele až do roku 1970, kdy byla v kostele nahrazena moderní plastickou křížovou cesta od akad. sochaře Karla Stádníka. Podoba zlínského kostela s vysokou jehlancovitou střechou z poloviny 19. století, přetrvala do dnešních dnů.