Stavba kostela začala v roce 2002, autorem je slovinský architekt Ivo Goropevšek. Nosnou část hlavní lodi tvoří 12 sloupů, které symbolizují 12 apoštolů. Na to navazuje střecha ve tvaru čtvrtkruhového oblouku připomínající baldachýn a symbolizující lehkost - vznášení. Ze strany od Památníku Velké Moravy se nachází vchod a čelní strana kostela. Tu tvoří dvě věže mírně skloněné směrem k vlastní stavbě, představující 2 slovanské věrozvěsty sv. Cyrila a Metoděje. Věže jsou uprostřed propojeny křížem, jehož tvar vychází z nálezu při archeologickém průzkumu této lokality. Hlavní loď má navrženo venkovní opláštění ze skla. Sklo symbolizuje pronikání paprsků a otevřenost církve. V suterénu vzniklém pod hlavní lodí se nachází sál pro společenské využití, různé kulturní i vzdělávací akce ve městě. V přední části je liturgický prostor s oltářem a svatostánkem, který je navržen jako společný pro kostel a zimní kapli, která je umístěna za liturgickým prostorem z východní strany a je zasvěcena Panně Marii. Materiály, které byly při stavbě použity - tradiční pohledový železobeton, zděné konstrukce a dřevěný či kamenný obklad.