Muzeum po druhé světové válce několikrát mění své sídlo. Až v roce 1957 získává nynější budovu na Bartolomějském náměstí. Přesto až do roku 1993 není jediným uživatelem budovy, zásadně rekonstruované v letech 1978 - 1986. V letech 1949 - 1960 muzeum plní funkci okresního  muzea a  řídí pobočky ve Strážnici, Bzenci a ve Velké nad Veličkou. V roce 1964 se stává detašovaným pracovištěm Okresního muzea v Hodoníně - dnes Masarykova  muzea. Nová stálá expozice nazvaná "Od Doubravy po Javořinu", rozdělená na část archeologickou, historickou a etnografickou, je zpřístupněna veřejnosti od počátku června roku 1988.